ObsidianとLogseqは、どちらもmdファイルを開けるので、同じファイルを開くことができます。
mdファイルを1カ所に置き、それをObsidianとLogseqのそれぞれで開く、という使い方もできるようですが、私にはハードルが高く試してはいません。
でも、どちらのアプリもmdファイルを開けるというのは、長期的に使うノートアプリとしては、最近、改めて、大きなアドバンテージだと思うようになりました。
例えば、Obsidianを使っていて、急にLogseqを使いたくなったとしても、基本的にはmdファイルを移すだけなので手軽です。
ObsidianとLogseqの間の行き来がしやすいのです。
小田やかた
これは、私にとってはWorkFlowyとDynalistの関係に似ています。
どちらも甲乙つけ難い素晴らしいアプリで、いまだに、どちらを使うか迷います。気分で使い分けていたりもします。
そんなとき、同じアウトライン形式のファイルを使っているので、行き来が手軽なんですよね。ごっそり移すことも割にやりやすいので、メインで使うのも変更しやすいんです。
この感覚と便利さが、ObsidianとLogseqに似ているんです。
なので、ずっと使い続けるんだ、と変に肩肘張らず、いつでも変更できる、という気軽さがこの２つのアプリにはあると思います。今後、これらのアプリと同じようにmdファイルを開けるアプリもたくさん出てきそうですしね。
そういう意味では、アプリ独特の記法はあまり使わない方がいいのではないかと思っています。例えば、ObsidianもLogseqもプラグインによってマーカーの色を増やせますが、その記法（コード）が、ほかのmdファイルを読み込めるアプリと違う可能性もあります。
よって、なるべく基本的なMarkdownの記法を守っておいた方がよさそうです。
